El Área del Investigación del INECIP reúne las actividades de estudio y análisis netamente académicas, vinculadas a las líneas troncales de trabajo (Reforma de la Justicia, Política Criminal y Cárceles y Política Penitenciaria) y otras en exploración. Los proyectos de investigación, a diferencia de aquellos de las áreas de trabajo, no incluyen acciones de sensibilización e incidencia en políticas públicas.
Se trata de grupos de investigación y reflexión, conformados por investigadores experimentados y en formación (estudiantes y graduados), que desarrollan estudios innovadores con fines científicos, pero cuyos resultados son aprovechados institucionalmente para el planteo de nuevos objetivos y el soporte de proyectos, asegurando una permanente vinculación entre la teoría y la práctica como una forma especial de trabajo